Здраствуйте. Лучше будет составить отдельный  иск. Перед подачей иска нужно определить сумму иска. Для этого надо назначить строительную экспертизу которая установит наличие недоделок и брака строительных работ и определит необходимую сумму для взыскания. Затраты на независимую экспертизу взыщите с ответчика.

Экспертиза уже проведена ТСЖ.

Написав иск отдельный, мы тоже будем истцами или третьим лицом,заявляющим самостоятельные требования (так нам советует юрист ТСЖ)?

Добрый день! Вы должны и имеете право вступить в это дело в качестве третьих лиц, заявляющих самостоятельные требования. Изложите требования  в исковом заявлении, оцените стоимость своих требований, оплатите госпошлину и срочно подайте в суд, указав в заявлении о вступлении в дело, которое уже рассматривается. Приложите копии искового заявления по числу лиц, которые уже в деле участвуют! Ничего сложного нет. Все в ГПК РФ это прописано. Удачи!

Выбор лежит на Вас: Выможете как выступить с самостоятельным иском и ходатайствовать о его обединении с имеющимся, так и заявить самостоятельные требования в рамках имеющегося как третье лицо.